哈尔滨工业大学EMBA按照国际一流商学院管理课程体系标准设置课程，将国外前沿管理理念与中国本土化商业实践相结合，将世界经济形势与中国经济热点相结合，将世界一流企业与中国知名企业发展经验相结合，采取递进式、模块化的教学模式，旨在提升学员的战略思维、强化管理实践、开拓国际视野、激发创新潜能。课程设置分为五个模块：入学模块、平台课程模块、核心课程模块、特色课程模块、毕业模块。课程考核实行学分制，学员须修满34学分,达到评分和考核标准并通过硕士论文答辩后,方可获得EMBA硕士学位。
■ 入学模块
该模块是EMBA的融入教育。《团队文化建设》以主题班会、联谊活动等形式，使学员通过自身的参与来感受和体验团队作用，并对班级产生认同感，从而更为融洽地与团队内的其他人协作;《探索哈工大》则由哈工大两院院士和知名教授，以课堂讲授、参观校史馆和高科技实验室等形式，为EMBA学员打开一个深入了解哈工大历史沿革和科技优势的窗口，感受哈工大的独特魅力，同时拓展知识视野，提升思维高度，激发创新灵感。
■ 平台课程模块
该模块是构建EMBA学员管理知识体系的基础性课程。注重管理基础和管理实务上的教学，并对管理战略、营销管理、财务管理、电子商务、信息技术等不同领域的管理实践，进行全方位、针对性的教学，对学员的管理实战能力做系统性强化。旨在为学员打造扎实的管理理论基础，建立系统化的商业管理思维模式。
■ 核心课程模块
该模块是EMBA学员在专业领域系统学习、研究和实践的深化课程。侧重领导能力、创新变革、管理沟通、公司治理、国际视野等层面的系统性学习，使学员领悟领导艺术，激发创新思维，掌握沟通技巧、强化运作管理、拓展国际视角，旨在加深学员对特定领域问题的理解和提升学员运用所学理论知识解决实际管理问题的能力。
■ 特色课程模块
该模块是EMBA的能力拓展课程，注重实践、交流、分享、合作，在管理思维碰撞中实现管理能力的整合与提升。采用专题讲座、创新创业讲坛、管理沙龙、精英论坛、移动课堂、海外课堂等个性化学习方式，使学员获取管理真谛，拓展国际视野，掌握最新管理理论，洞悉商界风云，汲取全球前沿管理智慧给养。
■ 毕业模块
该模块是EMBA学位教育的最后环节。要求学员综合运用两年来所学的管理知识，在导师的指导下，围绕所在企业发展中的实际问题进行专题研究，并撰写学位论文，从而实现不同模块课程知识的系统化。最后，通过学位论文答辩，对学员的论文写作能力、对所学理论的整合应用能力、口头表达能力、逻辑思维能力、应变能力等进行一次较为全面的检验。