课程设置可以体现出一个学院的培养方案是否合理。为满足社会经济发展需求，新疆财经大学EMBA课程强调整合性和决策导向，强调密切联系实际和面向国际竞争环境。新疆财经大学EMBA课程设置的基本原则是在遵循EMBA培养的一般规律并保持区域特色的基础上，充分结合本土企业的管理实践，力求体现本校优势学科特色。本校EMBA课程分为必修课和选修课两个模块。
必修课包括：社会主义经济理论与实践、商务英语与沟通。
核心课包括：会计学(或财务报表分析)、公司财务管理、战略管理、管理经济学、组织行为学、企业社会责任与商业伦理、数据模型与决策、营销管理、人力资源管理、领导学等，此部分课程至少修6门。
选修课主要有：项目管理、运营管理、技术创新管理、创新与变革管理、知识管理、危机管理、风险管理、项企业研究方法、管理沟通与谈判、商业伦理、目投资与融资决策、商法、国际金融、企业政策、公司治理、商业模式等。
以上所有课程至少要选择16项，且课内总学时不得少于500学时，学员可根据自身需求及社会、经济发展适当调整选修课程。另外需要注意的是，要想获得进行论文开题论证的资格，至少要修满20学分。
021-80166327